Il gioco gira attorno alla "Shinra inc" una specie di super-industria che ha il monopolio sull'energia del pianeta, la Mako Energy. Questa è come una linfa vitale per il pianeta e, se ne viene estratto troppo, il pianeta può diventare invivibile.
Dato che la Shinra non ha intenzione di smettere di succhiare energia, la Avalanche, una piccola organizzazione ribelle cerca pian piano di "smontarla" distruggendo a poco a poco i reattori che servono a assorbire la Mako energy situati nel posto più industrializzato, Midgar.
E' proprio da Midgar che Cloud Stife, un ex-Soldier di 1^a classe si allea con Barret, Tifa e Aeris per fermare la Shinra che però, in realtà, non sta risucchiando l'energia solo per fornire il pianeta ma c'è un intrigato mistero dei vecchi Ancients e un personaggio che è in cerca di un potere estremo...