La storia di Final Fantasy VI inizia con la partenza di una ragazza di nome Terra accompagnata da due soldati Wedge e Biggs. Hanno come meta il ritrovamento di un antico Esper, capace di insegnare il dono della magia a chi lo possiede.
L'Impero invece lo vuole a tutti i costi per raggiungere i suoi loschi fini. Ma solo Terra è in grado di capire gli Esper, ed è l'unica al mondo a sapere usare la magia pur non avendoli con se. Riuscirà Terra a trovare gli antichi spiriti?